Revelado nas categorias de base do Corinthians, Fagner estreou como profissional em 2006, com apenas 17 anos de idade. Depois de sete jogos, se transferiu para a Europa e seguiu a carreira até voltar ao Timão em 2014. Desde então, virou o dono da lateral direita alvinegra.
Fagner é um dos alicerces da equipe comandada pelo técnico Fabio Carille, referência da melhor defesa do Campeonato Brasileiro de 2017. Das 36 partidas do Corinthians na competição até o momento, o lateral direito esteve em 29.
O camisa 23 não balançou as redes em 2017, mas contribui para o time de outras maneiras. Com assistências -- foi dele o passe para Jadson no terceiro gol da vitória sobre o Fluminense por 3 a 1 que garantiu o heptacampeonato brasileiro ao Corinthians -, desarmes e muita liderança. O lateral direito é um dos jogadores que entram no rodízio de capitães.
Com o hepta brasileiro, Fagner agora tem três títulos pelo Timão: duas vezes campeão brasileiro (2015 e 2017) e campeão paulista (2017). As boas atuações pelo Alvinegro também renderam seguidas convocações para a Seleção Brasileira. Inclusive, foi titular do Brasil no jogo contra o Paraguai pelas Eliminatórias da Copa do Mundo na Arena Corinthians, em março. Por isso, o lateral mantém o sonho de jogar a Copa do Mundo de 2018, na Rússia.